1. 취소의 범위와 관련하여, 세액의 산출 과정 등에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고, 그 전부를 취소할 것은 아닙니다.
2. 대법원도 '과세처분 취소소송에 있어서 세액의 산출 과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출 세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다.'라는 판시(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누 19496 판결)를 통해 기준을 세워 주었습니다.
3. 당사자가 과세처분 중 일부만을 다투면서도 과세처분의 전부 취소를 구하는 경우가 있는데, 실무상 어느 정도의 승소 가능성이 인정된다면 변론 진행 과정에서 쌍방에게 원고가 다투는 쟁점이 받아들여질 경우 인정되는 세액을 계산하게 한 뒤, 과세처분 중 그 세액을 초과하는 금액에 대해서만 취소를 구하는 것으로 청구취지를 정리하게 하기도 합니다.
4. 다만 법원에 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액이 산출되지 않는 경우라면, 법원은 과세관청이 아니므로 부득이 과세처분의 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정 방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라 할 것인바, 이와 같은 경우에는 전부 취소를 할 수밖에 없습니다.
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