1. 전부 취소와 관련하여, 대법원은 '건축물 중 일부는 직업훈련에, 일부는 사내 일반연수에 각 전용으로 사용되고, 일부는 직업훈련과 사내 일반연수에 공동으로 사용되고 있는 경우, 과세관청으로서는 위 각 건축물 중에서 직업훈련에 전용으로 사용되는 건축물의 경우에는 그 바닥면적 전부, 직업훈련과 사내 일반연수에 공동으로 사용되는 건축물의 경우에는 그 바닥면적 중 안분 비율에 의한 바닥면적 부분을 합하여 그 7배에 해당하는 토지를 직업훈련시설에 직접 사용하는 토지로 보아, 이를 구 지방세법 제234조의 13 제2항 제4호(1994.12.22. 법률 제4794호로 삭제) 소정의 종합토지세 면제 대상 토지로서 위 건축물 전체의 부지면적에서 공제하는 등 합리적이고 타당한 방법에 의하여 직업훈련에 직접 사용되는 건축물과 그렇지 아니한 건축물을 명확히 구분하여 그에 따라 종합토지세를 면제하거나 과세하여야 한다.'라는 판시(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누 13527 판결)를 하였습니다.
2. 위 사건에서 대법원은 '피고가 채택한 위 산정 방법은 지방세법령 어디에도 그 근거를 두지 아니한 것으로서 합리성과 타당성을 결여하여 위법하다고 아니할 수 없다면서, 과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 면제 대상 토지의 산정 방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라고 할 것이다.'라는 기준을 세워 주었습니다.
3. 위 사건의 기록에 의하여 살펴보아도 이 사건 연수원 부지 상의 건축물 중 어느 것이 직업훈련에 전용으로 사용되고, 어느 것이 직업훈련과 사내 일반연수에 공용으로 사용되는지를 명확히 구분할 수 없고, 따라서 정당한 종합토지 세액을 산출할 수 없어 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없었다는 점에서 타당한 판시라 할 것입니다.
4. 절차적 하자가 있는 경우와 관련하여, 대법원은 '납세고지서에는 원칙적으로 납세의무자가 부과처분의 내용을 상세하게 알 수 있도록 과세대상 재산을 특정하고 그에 대한 과세표준액, 적용할 세율 등 세액의 산출 근거를 구체적으로 기재하여야 하고, 위 규정은 강행규정으로서 위 규정에서 요구하는 사항 중 일부를 누락시킨 하자가 있는 경우 그 과세처분은 위법하다.'라는 판시(대법원 1997. 8. 22. 선고 96누 14272 판결)를 통하여 절차적 하자가 있는 경우에는 과세처분 전부에 대한 취소 사유가 된다는 기준을 세워 주었습니다.
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