1. 심판의 대상과 관련하여, 대법원은 '납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정 짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과 고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당 세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분 사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당 세액 범위 내의 부과 고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니다.'라는 판시(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누 10695 판결)를 통해 기준을 세워 주었습니다.
2. 통설과 판례의 입장인 총액주의에 의하면 과세처분 취소소송의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 과세표준 및 세액의 객관적 존부이므로, 과세처분에 의하여 인정된 세액이 객관적으로 정당한 세액을 초과하는지가 심판의 대상이 되는 바, 위 1. 항의 대법원의 판결은 적절한 판시라 할 것입니다.
3. 위 1. 항의 사안에서 원고는 납세의무자가 소득 금액 변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 하였고, 이에 대하여 원심 법원은 이 부분에 대한 각하를 하였는데, 대법원은 그 취지 중에 소득 금액 변동통지에 따른 과세처분의 취소까지 구하는 취지가 포함되어 있다는 이유로 전심절차에는 문제가 없다는 판단을 하였습니다.
4. 또한 위 1. 항의 사안에서 대법원은 '매출누락액에 대하여 그 제조원가 등이 특별히 기장되어 있지 않고 달리 현존하는 장부와 증빙서류들에 의하여 매출 누락분에 대응하는 제조원가 등이 밝혀진 바가 없다면 매출 누락분에 대응하는 제조원가 등 비용도 원고가 장부기장한 비용에 포함되어 원고가 과세표준 등 신고 시에 이미 손금에 산입하여 비용 신고하였다고 보는 것이 옳고, 원고가 특별히 이 사건 매출 누락 수입에 대응하는 제조원가 등 경비를 일일이 구분 산출하여 별도 기장해 두고서 이를 비용 신고 시에 누락시킨 사정이 있다면 원고가 그 별도 기장해 둔 비용의 기장과 증빙 등에 의해 비용의 존재와 비용액을 입증할 책임이 있다.'라는 판시를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
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