1. 과세관청은 세무조사 결과 통지 후 소득 금액 변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에 과세전 적부 심사의 기회를 부여하여야 하고, 과세전 적부 심사를 거치기 전 소득 금액 변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사 결과 통지 후 과세전 적부 심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득 금액 변동통지는 무효입니다.
2. 과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득 금액 변동통지는 각각 별개의 처분인지와 관련하여, 대법원은 '과세관청이 법인에 대하여 세무조사 결과 통지를 하면서 익금 누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의 15 제2항 제2호의 ‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득 금액 변동통지와 관련된 조세 포탈에 대해서까지 과세전 적부 심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다.'라는 판시(대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두 51174 판결)를 통하여 별개의 처분이라는 점을 명확히 해 주었습니다.
3. 위 2. 항의 사안에서 대법원은 '과세관청이 법인에 대하여 세무조사 결과 통지를 하면서 익금 누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 한 경우, 소득처분에 따른 소득 금액 변동통지와 관련된 조세 포탈에 대하여도 과세전 적부 심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수 없고, 이 경우 세무조사 결과 통지 후 과세전 적부 심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득 금액 변동통지의 효력은 무효이다.'라는 점을 확인해 주었습니다.
4. 전심절차와 관련하여, 대법원은 '원천 납세의무자가 의제배당소득과 관련한 원천징수 고지의 징수 처분에 대한 전심절차에서 국세심판원으로부터 당사자적격이 인정되지 않는다는 이유로 각하 결정을 받은 경우, 그 의제배당소득을 포함한 종합소득세 부과처분 취소 청구소송을 전심절차를 거치지 않은 채 제기할 수 없다.'라는 판시(대법원 2009. 5. 28. 선고 2007 두25817 판결)를 통하여 기준을 세워 주었던 바, 손금불산입으로 법인소득이 발생하였다고 하더라도 그 소득의 귀속은 법인에 유보되거나 사외 유출되더라도 실제 귀속자에 따라 달라지게 되어 반드시 그 소득이 대표자에게만 귀속된다고 볼 수 없는 등 각기 별개의 독립된 처분이라는 점을 확인해 주었습니다.
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