1. 실무상 원고가 실질적으로 과세처분 중 일부만을 다투면서도 청구취지에는 과세처분 전부의 취소를 구하는 경우가 있는데, 이와 같은 경우 보통 법원에서는 원고에게 과세처분의 일부의 취소만을 구하는 것인지를 확인하여 취소할 세액을 특정하도록 하고, 그 세액계산의 적정성을 과세관청인 피고에게 검토시킨 뒤 청구취지를 정리합니다.
2. 정리가 되지 않은 채로 변론이 종결되는 경우 실질적인 쟁점에 대하여 원고의 주장이 전부 받아들여지더라도 주문은 일부 승소 판결이 선고되어 소송 비용 중 일부를 원고가 부담하게 될 가능성도 있고, 과세처분의 일부 취소를 위하여 법원이 구체적인 세액을 계산하여야 하는 번잡함이 생길 수도 있습니다.
3. 당초 과세처분이 과세관청의 직권 또는 전심 단계에서 감액경정된 경우에 대하여 살펴보고자 하는데, 감액경정처분이 있는 경우 심판의 대상은 감액경정된 처분이 아니라 당초 처분 중 감액되고 남은 부분이므로, 처분 일자는 감액경정 일이 아닌 당초 처분 일이 되고, 불복 청구 기간이나 제소 기간의 경과 여부도 당초 처분일을 기준으로 판단하여야 합니다.
4. 대법원도 ' 과세관청이 조세 부과처분을 한 뒤에 그 불복절차 과정에서 국세청장이나 국세 심판소장으로부터 그 일부를 취소하도록 하는 결정을 받고 이에 따라 당초 부과처분의 일부를 취소, 감액하는 내용의 경정결정을 한 경우 위 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우에는 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다 할 것이고, 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이므로, 이 경우 제소 기간을 준수하였는지 여부도 당초 처분을 기준으로 하여 판단하여야 할 것이다.'라는 판시(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누 391 판결)를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
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