1. 양도일 현재 당해 법인의 순자산가액을 산정함에 있어서 당해 법인의 대차대조표에 계상되지 아니한 부외채무가 존재한다는 사실에 대한 문제가 되었던 사안에서 대법원은 '부외채무가 존재한다는 사실은 양도소득세 과세가액 결정에 있어서 예외적인 사유에 속하는 것이므로 이러한 특별한 사유에 대한 입증책임은 이를 다투는 납세의무자에게 있다고 할 것이고, 또 비상장 주식의 가액을 평가하기 위하여 순자산가액을 산정함에 있어 자산가액에서 공제되는 부채는 그 산정 당시 당해 회사가 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무를 뜻한다.'라는 판시(대법원 2003. 5. 13. 선고 2002두 12458 판결 [양도소득세 부과처분 취소]를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
2. 위 1. 항의 사건에서 원심 법원은 피고가 이 사건 주식거래와 관련하여 소외인에 대하여 증여세를 부과하면서 동시에 원고에 대하여 양도소득세를 부과하였다고 하여 이를 실질과세의 원칙이나 공평과세의 원칙에 반하여 위법하다고 판단(구체적으로 피고가 주식회사 대도화성 발행의 이 사건 주식 거래와 관련하여 이를 특수관계자 사이의 저가 양수도로 보아 양수인인 소외인에 대하여 증여의제 규정에 의하여 증여세를 부과하면서 동시에 양도인인 원고에 대하여 양도소득세를 부과) 하였는데, 이에 대하여 대법원은 '증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서, 과세관청이 각 부과처분을 함에 있어서는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로, 위 규정들의 요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복 적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니다.'라는 판시를 하였습니다.
3. 지금부터는 법인세에 대하여 살펴보고자 하는데, 법인세의 납세의무자는 내국법인과 국내원천소득이 있는 외국법인(법인세법 제3조 제1항)이며, 내국법인의 경우 각 사업연도의 소득, 청산소득, 토지 등 양도소득(같은 법 제4조 제1항)이며, 외국법인의 경우 각 사업연도의 소득, 토지 등 양도소득이 과세대상(법인세법 제4조 제4항)입니다.
4. 만일 어느 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세처분의 적법성이 다퉈지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 당해 사업연도에 귀속되었다는 사실을 증명해야 하는데, 납세자가 과세대상이 되는 소득을 숨겨온 결과 그와 같은 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란한 경우, 과세대상 소득의 확정 시기와 관계없이 과세관청이 조사·확인한 사업연도에 따라 소득의 귀속 사업연도를 달리할 수 있는지에 대한 사안에서 대법원은 '과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 당해 사업연도에 귀속되었다는 사실을 입증하여야 하고, 납세자가 과세대상이 되는 소득을 숨겨온 결과 그와 같은 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란한 경우에는 과세관청이 그 과세소득을 조사·확인한 대상 사업연도에 귀속된 것으로 보아야 한다는 것이나, 과세대상 소득의 확정 시기와 관계없이 과세관청이 조사·확인한 사업연도에 따라 소득의 귀속 사업연도를 달리할 수 없다.'라는 판시(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두 1826 판결 [법인세 부과처분 취소] [공 2000.4.15.(104),873])를 통해 기준을 세워 주었습니다.
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