1. 증명책임과 관련하여 구체적으로 대법원은 '추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에서 가장 진실에 가까운 수입 금액의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며, 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에 있다.'라는 취지의 판결(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두7687 판결 [부가가치세 등 부과처분 취소] [공 2010하, 2109])을 선고하였는데, 위 사안에서 대법원은 과세관청이 관계 규정이 정한 방법과 절차에 따라 추계하였다면 합리성과 타당성은 일단 증명되었고, 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 수입 금액의 실액을 반영하기에 적절하지 않다는 점에 관하여는 이를 다투는 납세자가 증명할 필요가 있다는 점을 밝혀 주었습니다.
2. 또한 대법원은 '본세의 부과처분과 가산세의 부과처분은 각 별개의 과세처분인 것처럼, 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 한다. 따라서 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출 근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출 근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이다.'라는 판시(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두 12347 전원 합의체 판결 [증여세 부과처분 취소] [공 2012하, 1945])를 통하여 납부고지서나 납부통지서의 필요적 기재 사항이 기재되어 있는가의 여부는 부과처분 절차상의 적법요건에 해당한다는 점을 확인해 주었습니다.
3. 이에 반하여 과세처분의 무효확인소송에서는 민사소송에서의 증명 책임 법리에 맞추어 그 무효를 주장하는 원고가 그 과세처분에 존재하는 하자가 중대하고 명백하다는 것을 주장, 증명할 책임을 집니다.
4. 조세소송에서의 증명책임은 조세법률관계의 특수성으로 인하여 원칙적으로 과세관청에 처분의 적법성에 관하여 증명책임이 있다고 보면서도 일정한 경우에는 증명의 정도를 완화하거나 증명의 필요성을 전환하는 등으로 합리적인 해결책을 모색하는 방향으로 이론과 실무가 전개되어 왔던 바, 실제 소송에서는 입증 자료가 있는 한 주장을 전개하고, 없다고 하더라도 관련 법리와 판결 등에 유리한 내용은 모두 진행해 두어야 합니다.
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