1. 추계과세의 사유 및 방법과 관련하여, 대법원은 '임대인이 보증금에 의한 수입 내지 소득 계산에 필요한 장부와 증빙서류를 구비하고 있지 아니하고 또 부동산임대업과 관련하여 금전출납부, 수입, 경비 등 장부 등을 구비하고 있었다 하더라도 위 장부에는 보증금과 임료의 기장이 누락되어 있고, 또 임차인들로부터 보증금을 수령하여 즉시 인출, 사용한 것으로 기재되어 있는 데다 그 인출 지급한 명세도 명시되어 있지 않다면, 이는 당해 사업연도의 총수입금액을 계산함에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당하여 그 총 수입금액은 추계조사결정할 수 밖에 없다.'라는 판시(대법원 1985. 11. 26. 선고 83누 400 판결)를 통해 기준을 세워 주었습니다.
2. 위 1. 항의 사안에서 원심 법원은 원고가 그 소유인 서울 중구 5층 건물을 소외 국일증권 주식회사 등에 임대하면서 수령한 보증금을 임차인들이 사업자등록 시 첨부한 임대차 계약서상의 보증금에 의하여 인정하면서, 1978. 사업연도 중에 위 보증금으로 인하여 발생한 수입이나, 이에 관련한 비용은, 소외 1, 소외 2 등으로부터 수령한 보증금과 임료가 기장되어 있지 아니하는 등 이를 계산함에 필요한 장부나 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위로 인하여 확인할 수 없는 경우에 해당된다고 한 다음, 위 보증금에 의한 수입 금액을 소득세법 제29조에 따라 위 보증금에 대한 정기예금 이율로 환산한 금액으로 추계 조사로 결정하였습니다.
3. 또한 납세의무자가 발행한 세금계산서 중 84.16%(거래금액 대비 74.08%)가 실제 매출처와 다르게 발행한 사실이 확인되었던 사안에서 대법원은 '과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서, 장부 기타 증빙의 중요한 부분이 허위라고 하여 국세청장이 업종별로 정한 매매 총이익률인 11.9%를 적용하여 매출액을 추계결정하고 당초 신고한 매출액과의 차액을 매출 누락으로 보았는데, 이러한 추계 조사에는 문제가 없다.'라는 취지의 판시(대법원 1995. 12. 22. 선고 95누 5929 판결)를 통해 기준을 세워 주었습니다.
4. 현행 세법에서는 개별 세법마다 소득 금액의 추계방법과 수입 금액의 추계방법으로 구분하여 구체적으로 열거하고 있는데, 추계과세의 방법 중 어느 방법을 취할 것인가 하는 문제는 과세관청의 자유재량에 맡겨진 것이 아니고 구체적 실정을 바탕으로 하여 개별적으로 가장 합리성이 있는 방법을 택하여야 하고, 그러한 합리성이 없는 방법을 택하였을 경우에는 그 과세처분이 위법하다 할 것입니다.
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