1. 국세기본법 제16조 제1항에는 '① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. <개정 2020.6.9>'는 규정이 있는데, 이러한 내용을 근거 과세 원칙이라고 합니다. 물론 같은 조에 따라 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 과세관청이 조사한 내용에 따라 결정할 수 있습니다.
2. 국세를 조사, 결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있고, 이러한 실질조사의 원칙의 예외로서 장부가 증거서류 등을 작성, 비치하지 않거나 직접적인 과세자료를 확보할 수 없거나 부정확한 경우 등 일정한 사유가 있는 경우에는 예외적으로 추계 조사 방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 있습니다.
3. 이와 관련하여 대법원은 '종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계 조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 비치, 기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계 조사 방법에 의해서는 아니 된다.'라는 판시(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누 6809 판결)를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
4. 위 사안에서 대법원은 '우리 소득세법이 소득세 과세표준의 결정은 실지조사결정에 의하는 것을 원칙으로 하고 실지조사결정이 불가능할 경우에만 예외적으로 추계조사결정의 방법에 의하도록 하고 있음에 비추어 실지조사 방법에 의하여 결정된 소득세액이 추계 조사 방법에 의하여 결정된 소득세액보다 많은지 적은지에 따라 그 과세표준의 결정 방법의 적법 여부가 좌우되는 것은 아니다.'라는 기준을 세워 주기도 하였습니다.
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