1. 비과세 관행과 관련하여, 사업소세 도입 이래 20년 이상 간호전문대학의 운영자가 경영하는 병원에 대하여 사업소세를 부과하지 않으면서, 장기간 동안 인근 다른 과세관청의 유사 사례에 대한 사업소세 과세 시도를 보면서도 같은 조치를 취하지 않은 채 그 이의신청 절차나 심사청구 절차에서 사업소세의 부과처분이 취소된 취지에 부응하여 비과세 조치를 계속 유지했던 사안에서 대법원은 ' 사업소세 도입 이래 20년 이상 간호전문대학의 운영자가 경영하는 병원에 대하여 사업소세를 부과하지 않으면서, 장기간 동안 인근 다른 과세관청의 유사 사례에 대한 사업소세 과세 시도를 보면서도 같은 조치를 취하지 않은 채 그 이의신청 절차나 심사청구 절차에서 사업소세의 부과처분이 취소된 취지에 부응하여 비과세 조치를 계속 유지한 경우, 그 운영자의 교육적인 역할 등을 고려하여 묵시적으로 사업소세 비과세의 의사를 표시한 것으로 볼 수 있으므로, 국세기본법 제18조 제3항에서 정한 ‘비과세 관행’이 성립하였다고 볼 수 있다'라는 취지의 판결을 선고하였습니다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두 15350 판결).
2. 위 사안에서 대법원은 '과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다.'라는 판시를 통해 기준을 세워 주면서도 위 사안에서 피고가 ○○병원에 관한 사업소세를 부과하지 않고 있었던 이유나 경위, 2003년경 사업소세의 신고를 종용하게 된 경위나 구체적인 종용 방법, 유사 사례에 대한 사업소세 부과 실태 등을 좀 더 면밀히 살펴보는 등 비과세 관행의 성립 여부 및 그 범위에 관하여 추가적인 심리에 나아갔어야 할 것임에도 그러한 심리를 다하지 아니한 채 위와 같은 이유만으로 원고의 위 주장을 배척하고 말았으니, 이와 같은 원심 판결에는 비과세 관행에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이라는 사유로 원심 판결을 파기하였습니다.
3. 비과세 관행과 보통 함께 검토되는 신의성실의 원칙과 관련하여, 대법원은 '과세관청이 공적인 견해를 표명할 당시의 사정이 그대로 유지됨을 전제로 하는 것이 원칙이므로 사후에 그와 같은 사정이 변경된 경우에는 그 공적 견해는 더 이상 납세자에게 신뢰의 대상이 된다고 보기 어려운 만큼 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 그 견해 표명에 반하는 처분을 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다.'라는 판시(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두 19659 판결)를 통해 신의 성실의 원칙에 관한 기준을 세워 주었습니다.
4. 신의성실의 원칙과 관련하여 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명해야 하는데, 이에 대한 입증책임과 관련하여, 대법원은 '신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항 및 관세법 제5조 제2항(구 관세법 제2조의 2 제2항)이 정하는 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석 기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다.'라는 판시(대법원 1992. 9. 8. 선고 91누 13670 판결, 2002. 10. 25. 선고 2002두 172 판결 등 참조)를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
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