조세소송에 대하여(96) 

1. 비과세 요건, 감면 요건에 대한 증명책임과 관련하여 주목할 만한 대법원 판결을 소개하고자 하는데, 사실관계와 관련하여 살펴보면 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제63조의 2 제1항 제2호, 제2항 제2호, 제3항에 따라 법인이 본사를 대통령령이 정하는 수도권 생활지역 외의 지역으로 이전하는 경우 일정한 조건 하에 법인세를 감면해 주던 사안에 관한 것이었습니다. ​

2. 위 사안에서 대법원은 '수도권 생활지역 외의 지역에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원’에 해당하는지는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 하고, ‘수도권 생활지역 안의 본사 근무인원’이라 함은 본사의 이전 후 수도권 생활지역 안에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의한 법인세 감면의 요건에 관한 증명책임은 그 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다.'라는 판시(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두 7830 판결 [법인세부과처분취소])를 통하여 기준을 세워 주었습니다. ​

3. 국세기본법 제18조 제3항에는 '세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. <개정 2010.1.1>'는 규정이 있는데, 이러한 비과세의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라고 하더라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말합니다.

4. 이와 관련하여 국내 사업장이 없는 ‘외국법인 등이 지정한 자에게’ 국내에서 용역 등을 제공하는 경우도 영세율 적용 대상으로 규정한 국세청 부가가치세법 기본통칙에 관한 사례에서 대법원은 '국내 사업장이 없는 ‘외국법인 등이 지정한 자에게’ 국내에서 용역 등을 제공하는 경우도 영세율 적용 대상으로 규정한 국세청 부가가치세법 기본통칙 11-26-3은 각 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것 및 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제1호의 취지 등에 부합하는 해석으로 볼 수 있어, 그 거래는 외화 획득 거래로서 영세율이 적용되어 온 과세 관행에 포섭될 수 있으므로, 위 부과처분은 신의칙 내지 새로운 해석에 의한 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.'라는 판시(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두 19294 판결)를 통해 기준을 세워 주었습니다.