1. 법인세법 제52조 제1항에는 '① 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득 금액의 계산이 특수 관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득 금액의 계산(이하 “부당행위 계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득 금액을 계산한다. <개정 2011. 12. 31., 2018. 12. 24.>'는 규정을 두어 조세 법규가 예정하지 않은 비정상적인 방법에 의한 조세회피행위가 있는 경우 조세법적 관점에서 이를 부인하여 소득 금액을 재계산할 수 있음을 확인하고 있습니다.
2. 부당행위 계산이 성립하기 위하여는 특수관계자와의 거래로서 법인세법 시행령 제88조 제1항의 각 호가 규정하고 있는 행위 유형에 해당하여야 하고, 나아가 법인의 소득에 대한 조세의 부당한 감소를 가지고 와야 하는 바, 대법원은 '구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제3호는 법인세법 제52조가 정하고 있는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 법인이 주주 등 특수 관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 들고 있다. 여기에서 ‘시가’란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하고, 그 판단은 거래 당시를 기준으로 하므로, 만약 거래 계약 체결 시기와 양도 시기가 다르다면 그것이 부당행위 계산에 해당하는지는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 익금에 산입하여 소득처분할 금액은 특별한 사정이 없는 한 취득 시기를 기준으로 산정하여야 한다.'라는 판시(대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두 1484 판결 [법인세경정거부처분취소])를 통해 부당성의 판단 시점은 거래 당시임을 확인해 주었습니다.
3. 또한 부당행위 계산의 증명책임이 누구에게 있는지에 대하여 대법원은 '구 법인세법 시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13541호로 개정되기 전의 것) 제47조 소정의 가지급금에 대한 인정 이자는 내국법인이 출자자 등 특수 관계에 있는 자에게 무상으로 금전을 대여한 것으로 볼 수 있는 경우에 과세관청이 그 부당행위 계산을 부인하고 직권으로써 이자를 계산하는 제도이므로, 위 규정은 이자에 관한 약정이 있는 경우에는 적용될 여지가 없고, 이자에 관한 약정이 있는 경우에는 그 이자율이 경제적 합리성을 무시하였다고 인정될 정도의 낮은 이율인 때에 한하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 부당행위인 법인세법 제20조, 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제7호 소정의 낮은 이율로 금전을 대부한 때에 해당한다고 볼 수 있으며, 이 점에 관한 주장·입증책임은 과세관청에 있다.'라는 판시(대법원 1995. 12. 26. 선고 95누 3589 판결 [법인세부과처분취소])를 통하여 과세관청에게 책임이 있음을 확인해 주었습니다.
4. 부당행위 계산의 경우 특수 관계인이 중요한데, 이에 대한 판단 기준에 대하여 법인세법 제2조 제12호에 '12. “특수 관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영 지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수 관계인의 특수 관계인으로 본다.'라는 규정이, 같은 법 시행령 제2조 제5항에 이에 대한 규정이 있습니다.
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