1. 납세자가 당초 처분에 대한 심사청구 또는 심판 청구 과정에서 증액경정처분이 있었으나 전심 단계에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하여 제소 당시 당초 처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지가 기재되었던 사건에서 대법원은 '달리 특별한 사정이 없는 한 당초의 과세처분에 대한 심사청구 또는 심판청구를 통하여 당초의 과세처분을 흡수하고 있는 증액경정처분의 취소를 구하는 의사가 묵시적으로 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이러한 경우에는 설령 납세자가 당초의 과세처분에 대한 전심절차에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하였다고 하더라도 증액경정처분에 대한 별도의 전심절차를 거칠 필요 없이 당초 제기한 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이다.'라는 판시(대법원 2013. 2. 14 선고 2011두 25005 판결 [소득세 부과처분 취소])를 하여 기준을 세워주었습니다.
2. 위 사건에서 대법원은 '그 제소에 이른 경위나 증액경정처분의 성질 등에 비추어 납세자의 진정한 의사는 증액경정처분에 흡수됨으로써 이미 독립된 존재가치를 상실한 당초의 과세처분이 아니라 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 데에 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 납세자는 그 소송계속 중에 청구취지를 변경하는 형식으로 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 바로잡을 수 있는 것이고, 이때 제소 기간의 준수 여부는 형식적인 청구취지의 변경 시가 아니라 증액경정처분에 대한 불복의 의사가 담긴 당초의 소 제기 시를 기준으로 판단하여야 한다.'라는 판시를 통하여 증액 경정 처분의 소 제기 판단에 대한 기준 시를 정해 주었습니다.
3. 피고 경정이 되는 경우와 관련하여, 소장에서 청구원인으로 주장한 내용을 명확히 하거나 그와 동일한 범위에서 피고 경정과 함께 청구취지를 변경한 사안과 관련하여, 대법원은 '소장에 기재된 청구취지의 기재 자체만으로는 특정한 행정 법규에서 규정하고 있는 불복 방법이 아니어서 부적법한 소로 보인다고 하더라도, 그 청구원인에서 특정 행정처분의 위법을 이유로 그 행정처분에 대하여 불복하고 있으며, 또 그 청구취지의 기재가 착오로 인한 것임이 명백하다면, 당사자가 후에 적법한 불복 방법에 따라 청구취지를 변경하여 명확히 한 경우에는 이를 가리켜 새로운 청구라고 볼 수는 없다.'라는 취지의 판결(대법원 1991. 3. 12 선고 90누 4341 판결 [토지수용재결처분 취소])을 선고하여 기준을 세워 주었습니다.
4. 납세자는 불복 방법으로 이의신청 등을 할 수 있는데 이에 대한 결정의 한 유형으로 재조사 결정이 내려지는 경우가 종종 있는데, 이 경우 재조사 결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소 기간의 기산점과 관련하여, 대법원은 '재조사 결정은 처분청의 후속처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사 결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소 기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산 된다고 봄이 타당하다.'라는 판시(대법원 2010. 6. 25 선고 2007두 12514 전원 합의체 판결 [부가가치세 부과처분 취소])를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
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