1. 제소 기간의 준수 여부는 소송요건의 하나로 법원의 직권 조사사항이고, 제소 기간을 도과하여 제기된 소는 부적법하므로 각하하여야 하는데, 소송 계속 중 소의 종류를 변경하는 경우 제소 기간이 문제가 될 수 있는데, 우선 항고소송과 당사자소송 간의 변경 또는 항고소송 내에서의 취소소송, 무효 등 확인소송, 부작위위법확인소송 간의 변경은 청구의 기초에 변경이 없는 범위 내에서 사실심의 변론 종결 시까지 가능하기 때문인데, 행정소송법 제21조 제1항에서 '법원은 취소소송을 당해 처분 등에 관계되는 사무가 귀속하는 국가 또는 공공단체에 대한 당사자소송 또는 취소소송 외의 항고소송으로 변경하는 것이 상당하다고 인정할 때에는 청구의 기초에 변경이 없는 한 사실심의 변론종결 시까지 원고의 신청에 의하여 결정으로써 소의 변경을 허가할 수 있다.'라는 규정이 있습니다.
2. 대법원은 '취소소송을 제기하였다가 나중에 당사자 소송으로 변경하는 경우에는 행정소송법 제21조 제4항, 제14조 제4항에 따라 처음부터 당사자 소송을 제기한 것으로 보아야 하므로 당초의 취소소송이 적법한 기간 내에 제기된 경우에는 당사자 소송의 제소 기간을 준수한 것으로 보아야 할 것이다.'라는 판시(대법원 1992. 12. 24 선고 92누 3335 판결 [보상금 지급 결정 취소])를 통하여 취소소송을 제기하였다가 나중에 당사자 소송으로 변경한 경우 및 '동일한 행정처분에 대하여 무효확인의 소를 제기하였다가 그 후 그 처분의 취소를 구하는 소를 추가적으로 병합한 경우, 주된 청구인 무효확인의 소가 적법한 제소 기간 내에 제기되었다면 추가로 병합된 취소 청구의 소도 적법하게 제기된 것으로 봄이 상당하다.'라는 판시(대법원 2005. 12. 23 선고 2005두 3554 판결 [채석허가수허가자변경신고수리처분취소])를 통하여 당초 소송이 적법한 기간 내에 제기되었다면 변경 또는 병합된 소도 적법하게 제기된 것으로 보고 있다는 점을 밝혀 주었습니다.
3. 소송 계속 중 과세관청의 처분이 변경되는 경우가 있는데, 행정소송법 제22조에서는 '① 법원은 행정청이 소송의 대상인 처분을 소가 제기된 후 변경한 때에는 원고의 신청에 의하여 결정으로써 청구의 취지 또는 원인의 변경을 허가할 수 있다.'라는 규정과 '③ 제1항의 규정에 의하여 변경되는 청구는 제18조 제1항 단서의 규정에 의한 요건을 갖춘 것으로 본다.'라는 규정을 두어 당초의 행정처분에 대하여 전심절차를 거쳤으면 변경된 처분에 대하여도 전심절차를 거친 것으로 보는데, 다만 같은 조 제2항의 '제1항의 규정에 의한 신청은 처분의 변경이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 하여야 한다.'라는 규정에 따라 기간의 제한이 있으니 주의해야 합니다.
4. 한편 소 제기 전에 과세관청의 감액경정처분이 있는 경우는 당초 처분 중 감액되고 남은 부분이 소송의 대상이므로 당초 처분을 기준으로 제소 기간을 기산하고, 증액경정처분의 경우에는 당초 처분에 증액경정처분에 흡수, 소멸되어 증액경정처분만이 소송의 대상이 되므로 증액졍정처분을 기준으로 제소 기간을 기산하는 것이 원칙인데, 다만 대법원은 '당초의 조세 부과처분에 대하여 적법한 취소소송이 계속 중에 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소 사유(실체 상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되면 경정결정 또는 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우 원고는 경정결정 또는 재경정결정에 대하여 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정결정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 이러한 경우 당초의 소송이 적법한 제소 기간 내에 제기된 것이라면 경정결정 또는 재경정결정에 대한 청구취지 변경의 제소 기간 준수 여부는 따로 따질 필요가 없다.'라는 판시(대법원 2012. 11. 29 선고 2010두 7796 판결 [법인세부과처분취소])를 통하여 일정한 경우 예외를 인정해 주었습니다.
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