세무조사에 대하여(5) 

1. 거래 사실의 입증을 위해서 납세자는 진실된 증명 서류를 수취, 보관하여야 하고, 자금의 입, 출금 거래는 금융기관을 이용하여 송금 또는 계좌이체하는 방법으로 투명하게 해야 하는데, 이렇게 처리를 해야 만 조사 시 거래 사실에 대한 입증이 용이하며, 납세자는 국세기본법 제85조의 3 규정에 따라 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명 서류를 작성 또는 수취하여 신고기한이 경과한 날로부터 5년간 보관을 해야 하는데 세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표, 직불카드, 선불카드 및 현금영수증 등이 증명자료의 예라고 할 것인데 다만 전자세금계산서를 발행한 경우 국세청에 전송하는 세금계산서 보관 의무가 면제됩니다. ​

2. 세무조사는 공평한 과세의 실현을 위하여 필요 최소한의 범위 내에서만 진행되는데, 세목, 과세기간 등의 조사 범위는 세무조사 사전 통지에 기재하여 미리 통지를 하는데, 다만, 세무관서에서는 조사 진행 도중 세금 탈루 혐의가 여러 과세기간에 걸쳐 있음이 확인되는 경우 등에는 국세기본법 제81조의 9 규정에 따라 조사 범위를 확대할 수 있고 이 경우 세무공무원은 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 합니다. ​

3. 어느 세목의 특정 과세기간의 특정 항목에 대하여 세무조사를 한 경우, 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것과 관련하여 대법원은 '구 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의 4 제2항, 제81조의 7 제1항, 제81조의 9 제1항, 제81조의 11의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세 공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의 4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.'라는 판시(대법원 2015. 2. 26 선고 2014두 12062 판결 [세무조사결정행정처분취소])를 통해 기준을 세워 주었습니다. ​

4. 위 3항에서 살펴본 사건에서 대법원은 '다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금 탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구국세기본법 제81조의 4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다.'라는 제한을 하기도 하였던 바, 조사 범위의 확대는 외부 민간위원 중심으로 구성된 납세자 보호 위원회 또는 납세자 보호(담당) 관 등의 승인을 거치도록 하여 조사 공무원의 재량이 제한되고 있습니다.