1. 사업자등록에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부과하는데, 다만 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자단위과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여합니다(부가세 법 시행령제12조 제1항). 이와 관련하여 과세관청의 사업자등록 직권말소 행위가 항고소송의 대상이 되는지에 대하여 대법원은 "단순한 사업 사실의 신고로서 사업자가 소관 세무서장에서 소정의 사업자등록 신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록 사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것이며, 부가가치세법 제5조 제5항에 의하면 사업자가 폐업하거나 또는 신규로 사업을 개시하고자 하여 사업 개시일 전에 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 과세관청이 직권으로 이를 말소하도록 하고 있는데, 사업자등록의 말소 또한 폐업사실의 기재일 뿐 그에 의하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아니라는 점에서 과세관청의 사업자등록 직권말소 행위는 불복의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수가 없다."라는 판시(대법원 2000. 12. 22 선고 99두6903 판결 [사업자등록말소 처분 취소])를 통하여 행정처분은 아니라고 판단하였습니다.
2. 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 비록 납세의무가 없는 자라 할지라도 세금계산서 합계표의 제출 의무가 있는 자들(부가가치세법 제54조 제4항 내지 제5항, 세금계산서를 발급한 세관장, 세금계산서를 발급받은 국가, 지방자치단체, 면세사업자 등)에게는 등록번호에 준하는 고유번호를 부과할 수 있습니다(부가가치세 법 시행령 제12조 제2항).
3. 사업자가 등록신청으로 사업자등록을 하지 않는 경우에는 사업장 관할세무서장이 조사하여 등록을 할 수 있고, 상호를 변경하거나 사이버몰에 인적 사항 등의 정보를 등록한 사업자가 사이버몰의 명칭 또는 도메인 이름을 변경하거나 법인의 대표자를 변경하거나 사업의 종류 변동, 사업장을 이전하는 경우 등의 경우에는 사업자등록 정정 신고서에 사업자등록증을 첨부하여 세무서장에게 제출해야 하고, 이 경우 세무서장은 이를 확인한 후 정정하여 재발급해야 합니다(부가가치세 법 제8조 제6항, 부가가치세 법 시행령 제14조).
4. 다만 임차한 상가건물을 사업장으로 하여 사업자등록을 한 사람이 사업장을 다른 장소로 변경하는 사업자등록정정을 한 경우, 상가건물임대차보호법상 대항력을 상실하는지에 대하여 대구지방법원은 "상가건물 임차권의 대항력의 요건인 사업자등록은 거래의 안전을 위하여 사업자등록증에 기재된 사업장에 대하여 임차권이 존재함을 제3자가 명백히 인식할 수 있게 하는 공시방법으로서 마련한 것이고, 임대차를 공시하는 효력은 사업자등록증에 기재된 사업장에 한하여 미치므로, 임차한 상가건물을 사업장으로 하여 사업자등록을 한 사업자가 사업장을 다른 장소로 변경하는 사업자등록정정을 한 경우에는 정정된 사업자등록은 종전의 사업장에 대한 임대차를 공시하는 효력이 없고, 사업자는 종전의 사업장에 대하여 취득한 상가건물임대차보호법상 대항력을 상실한다."라는 판시(대구지방법원 2008. 5. 20 선고 2007나 20356 판결 [임대차보증금])를 통하여 기준을 세워주기도 하였던 바, 장소를 옮기는 사업자등록 정정시 주의를 요합니다.
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