수정수입세금계산서 발급, 관세 추징당한 부가세 매입세액공제 받는 요건 

관세청 조사에서 과세가격이 잘못 신고됐다는 지적을 받고 관세와 부가가치세를 한꺼번에 추징당하면, 많은 수입업체가 세금을 낸 것만으로 끝났다고 생각합니다. 그러나 추가로 납부한 부가가치세는 별도의 절차 없이는 매입세액으로 공제받지 못하고 그대로 비용 손실로 남을 수 있습니다. 열쇠는 세관장이 발급하는 수정수입세금계산서이고, 이 서류를 받을 수 있는지는 추징의 원인이 무엇이었는지에 따라 갈립니다. 이 글에서는 관세 추징 이후 수정수입세금계산서로 매입세액을 되찾는 구조와, 발급이 거부되는 경우 및 그때의 대응 방법을 정리합니다.

법무법인 도모 강대현 대표변호사

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수입부가세는 왜 저절로 공제되지 않는가 — 매입세액공제의 구조

물품을 수입할 때는 세관장이 부가가치세를 징수하면서 부가가치세법 제35조에 따라 수입세금계산서를 발급합니다. 수입업체는 이 수입세금계산서에 적힌 세액을 부가가치세법 제38조에 따라 매입세액으로 공제받아, 실제로는 국내에서 재화를 매입한 경우와 마찬가지로 부가가치세 부담을 정산합니다. 문제는 이 구조가 처음 신고·납부한 세액에 대해서만 작동한다는 점입니다.

관세청 조사나 자체 시정으로 과세가격이 다시 산정되어 관세와 부가가치세가 추가로 부과되면, 이 추가분은 최초 수입세금계산서에 반영되어 있지 않습니다. 세관장이 별도로 수정수입세금계산서를 발급해 주지 않는 한 추가 납부한 부가가치세를 뒷받침할 세금계산서 자체가 없는 상태가 되고, 그 결과 매입세액공제를 받을 서류상 근거가 사라집니다. 관세는 원가에 흡수되지만 부가가치세는 원래 최종소비자에게 전가되는 세목이라, 이 공백이 생기면 수입업체가 실질적으로 그 세액을 떠안는 셈이 됩니다.

그래서 관세 추징 통지를 받으면 "얼마를 더 내야 하는가"만큼 "이 추가 세액을 수정수입세금계산서로 되찾을 수 있는가"를 함께 확인해야 합니다. 이 두 질문에 대한 답이 완전히 다른 경우가 실무에서 드물지 않기 때문입니다.

관세 추징으로 추가 납부한 부가가치세는 수정수입세금계산서를 발급받아야만 매입세액으로 공제되고, 발급 여부는 추징의 원인에 따라 갈린다.

관세가 다시 산정되는 경로 — 수정신고와 세관장의 경정

관세가 추가로 부과되는 경로는 크게 두 가지입니다. 수입업체 스스로 과세가격 신고에 오류가 있었음을 발견해 관세법 제38조의3에 따라 수정신고를 하는 경우와, 관세청 조사 결과 세관장이 직권으로 세액을 경정하는 경우입니다. 실무에서는 이전가격조정(TP adjustment)에 따라 국세청과 협의한 결과가 관세 과세가격에도 반영되는 경우, 로열티·기술료처럼 과세가격에 포함해야 할 항목을 누락 신고한 경우, 원산지나 품목분류를 잘못 적용해 세율이 달라지는 경우 등이 대표적인 추징 사유로 반복됩니다.

수정신고든 세관장의 경정이든 관세가 늘어나면 그에 연동해 수입 부가가치세도 함께 늘어납니다. 관세의 과세표준에 부가가치세가 연동되는 구조이기 때문입니다. 이때 세관장은 추가된 관세와 별도로 추가된 부가가치세를 징수하게 되는데, 바로 이 추가 징수분에 대응하는 세금계산서가 수정수입세금계산서입니다. 즉 수정수입세금계산서는 관세 경정이라는 원인 행위에 뒤따르는 결과물이며, 관세 경정 없이 수정수입세금계산서만 별도로 신청할 수는 없습니다.

따라서 추징 통지서를 받으면 먼저 그 추징이 관세법 제38조의3에 따른 정식 경정 절차를 거친 것인지, 그리고 그 경정 내역에 부가가치세 증액분이 함께 표시되어 있는지를 확인하는 것이 수정수입세금계산서 신청의 출발점입니다.

수정수입세금계산서 발급 절차 — 신청서 제출과 2개월 통지기한

수정수입세금계산서를 받으려면 수입업체가 부가가치세법 시행령 제72조의2에 따른 발급신청서를 작성해 해당 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출해야 합니다. 관세 경정이 확정된 뒤 자동으로 발급되는 것이 아니라 신청이 있어야 절차가 시작된다는 점이 실무에서 자주 놓치는 부분입니다. 세관장은 신청을 받은 날부터 2개월 이내에 수정수입세금계산서를 발급하거나, 발급할 이유가 없다는 뜻을 신청인에게 통지해야 합니다.

발급되는 수정수입세금계산서에는 실제로 부가가치세를 추가로 납부하거나 환급받은 날이 작성일로 기재되고, 최초 수입세금계산서의 발급일 등이 비고란에 함께 적힙니다. 세액이 늘어난 경우는 검은색 글씨로, 줄어든 경우는 붉은색 글씨나 음(陰)의 표시로 구분해 작성합니다. 이렇게 발급받은 수정수입세금계산서는 그 작성일이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제 신고하는 것이 원칙이므로, 발급 시점과 부가가치세 신고기한 사이의 간격을 미리 계산해 두어야 공제를 놓치지 않습니다.

• 관세 경정(수정신고 또는 세관장 경정) 확정 — 부가가치세 증액분 확인.

• 세관장에게 수정수입세금계산서 발급신청서 제출.

• 세관장이 2개월 이내 발급 또는 미발급 통지.

• 발급받은 작성일이 속한 과세기간의 매입세액으로 공제 신고.

2023년 개정으로 달라진 것 — 원칙적 발급, 예외적 미발급

2023년 1월 1일 시행된 부가가치세법 개정 전에는 수정수입세금계산서의 발급 사유 자체가 제한적으로 열거되어 있었고, 그마저도 신고 오류가 "착오"나 "경미한 과실"에 해당한다는 사실, 즉 자신에게 귀책사유가 없었다는 사실을 수입업체가 직접 입증해야 발급받을 수 있는 구조였습니다. 이 입증책임이 수입업체에 있다 보니 실무에서는 정당한 사유로 가격을 정정한 경우조차 발급이 거부되는 사례가 적지 않았습니다.

개정 이후에는 이 구도가 뒤집혔습니다. 세관장이 과세표준이나 세액을 경정하는 경우 원칙적으로 수정수입세금계산서를 발급하고, 아래에서 살펴볼 제한된 사유에 해당할 때만 예외적으로 발급하지 않는 방식으로 바뀐 것입니다. 신고 오류의 경위를 수입업체가 나서서 소명하지 않아도 되고, 오히려 발급을 거부하려면 세관장이 열거된 미발급 사유에 해당한다는 점을 밝혀야 하는 구조가 됐습니다. 다만 이 개정이 모든 사례에서 발급을 보장한다는 뜻은 아니고, 부정한 방법으로 세액을 줄인 경우까지 구제해 주는 것은 아니라는 점은 그대로입니다.

발급받지 못하는 경우 — 제한적으로 열거된 미발급 사유

개정 이후에도 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 않을 수 있는 사유는 시행령에 제한적으로 열거되어 있습니다. 가장 무거운 것은 관세법 제42조 제2항이 정한 부정한 행위로 과세표준이나 세액을 과소신고한 경우입니다. 여기서 부정한 행위란 과세표준·세액 계산의 기초가 되는 사실을 은폐하거나 가장하는 방법으로 신고의무를 위반하는 것을 말하며, 이에 해당하면 부족세액의 100분의 40에 이르는 무거운 가산세가 별도로 부과되는 것과 별개로 수정수입세금계산서 발급도 거부됩니다.

관세법 제270조(관세포탈)·제271조 제2항(그 미수범 등)·제276조(허위신고 등)를 위반해 고발되거나 통고처분을 받은 경우도 발급 제외 사유입니다. 이 밖에 관세법 제37조의4에 따른 자료제출 요구에 응하지 않거나 거짓 자료를 제출한 경우, 관세조사 등에서 이미 통지받은 오류를 이후 수입신고에서 반복한 경우, 세관장의 보정신청 통지에 정당한 사유 없이 응하지 않은 경우, 제출된 과세자료에 객관적 사실과 명백히 다른 중대한 하자가 있는 경우도 발급이 거부될 수 있습니다. 반대로 말하면 단순 착오, 법령·행정해석에 대한 견해 차이, 이전가격조정처럼 통상적인 사업 운영 과정에서 생긴 가격 변동이 원인이라면 원칙으로 돌아가 발급 대상이 됩니다.

• 부정한 행위로 과소신고(관세법 제42조 제2항) — 부족세액 40% 가산세와 함께 발급 거부.

• 관세포탈·허위신고 등으로 고발·통고처분(제270조·제271조 제2항·제276조).

• 자료제출 요구 불응 또는 거짓 자료 제출.

• 지적된 오류의 반복, 보정신청 미이행, 과세자료의 중대한 하자.

수정수입세금계산서는 이제 원칙적으로 발급되지만, 부정한 행위로 인한 추징까지 구제해 주지는 않는다 — 관건은 추징의 원인이 고의·은폐였는지, 단순 착오나 가격조정이었는지다.

발급이 거부됐을 때 — 불복 절차와 매입세액공제로 이어지는 흐름

세관장으로부터 발급할 이유가 없다는 통지를 받았다고 해서 그대로 확정되는 것은 아닙니다. 그 판단이 부당하다고 볼 사정이 있다면 관세법상 이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송을 통해 미발급 처분을 다툴 수 있습니다. 관세법 제121조에 따라 심사청구·심판청구는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기해야 하고, 이의신청을 먼저 거친 경우에는 그 결정을 통지받은 날부터 다시 90일 이내에 심사청구·심판청구로 나아갈 수 있습니다. 미발급 통지도 처분에 해당하므로 이 기간을 넘기면 다툴 기회 자체가 사라진다는 점에 유의해야 합니다.

특히 부정한 행위에 해당한다고 본 근거가 형사 고발이나 통고처분과 무관하게 세관 자체 판단으로만 내려진 경우, 실제로 은폐·가장의 고의가 있었는지를 다시 따져볼 여지가 있는 사례가 적지 않습니다. 예컨대 과세가격 신고 당시 근거로 삼았던 계약서·가격표가 사후에 달리 해석된 것일 뿐 처음부터 사실관계를 숨기거나 꾸며낸 것이 아니라면, 부정한 행위로 단정한 세관의 판단 자체를 다툴 여지가 생깁니다.

불복절차를 거쳐 미발급 처분이 취소되거나, 애초에 정상적으로 수정수입세금계산서를 발급받았다면 그 세액은 발급받은 과세기간의 매입세액으로 신고해 공제받으면 됩니다. 만약 매입세액공제를 받을 수 있는 과세기간이 이미 지나버렸다면 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구를 통해 이미 신고한 부가가치세를 바로잡는 절차도 함께 검토해야 합니다. 다만 경정청구에도 청구기간의 제한이 있으므로, 수정수입세금계산서를 발급받은 즉시 공제·경정청구 가능 기한부터 확인하는 것이 손실을 최소화하는 길입니다.

실무에서 자주 문제되는 사례 — 이전가격조정과 단순 신고 오류

가장 흔히 등장하는 사례는 이전가격조정입니다. 국내 법인이 해외 특수관계자로부터 수입하는 거래에서, 국세청과의 정상가격 협의나 사후 조정으로 거래가격이 상향 조정되면 그 조정분이 관세 과세가격에도 반영되어 관세와 부가가치세가 함께 추징됩니다. 이는 수입업체의 은폐·가장과는 무관하게 그룹 내 이전가격 정책이 사후에 조정된 결과이므로, 개정된 시행령 아래에서는 수정수입세금계산서 발급의 전형적인 인정 대상으로 다뤄집니다.

반면 로열티·기술사용료처럼 애초에 과세가격에 포함해야 한다는 사실 자체를 인식하지 못하고 신고에서 빠뜨린 경우는 사안마다 결론이 갈립니다. 단순히 계약구조가 복잡해 포함 여부를 잘못 판단한 것이라면 착오로 보아 발급 대상이 될 여지가 있지만, 세무조사에서 이미 지적받았던 항목을 이후 신고에서도 계속 누락했다면 오류의 반복에 해당해 발급이 거부될 수 있습니다. 그래서 추징 통지를 받으면 이번이 처음 지적된 사안인지, 과거에 같은 지적을 받은 적이 있는지를 먼저 확인해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 관세를 추징당하면 부가가치세는 자동으로 매입세액공제가 되나요?

A. 아닙니다. 추가 납부한 부가가치세는 세관장이 별도로 수정수입세금계산서를 발급해 주어야 매입세액으로 공제할 근거가 생깁니다. 신청 없이는 발급되지 않으므로 관세 경정이 확정되면 바로 발급신청서를 제출해야 합니다.

Q. 수정수입세금계산서는 신청하면 무조건 발급되나요?

A. 2023년 개정 이후에는 원칙적으로 발급되지만, 부정한 행위로 인한 과소신고나 관세포탈 등으로 고발·통고처분을 받은 경우처럼 시행령이 정한 제한된 사유에 해당하면 발급이 거부될 수 있습니다.

Q. 이전가격조정으로 인한 추징도 수정수입세금계산서를 받을 수 있나요?

A. 그룹 내 이전가격 정책의 사후 조정에 따른 추징은 은폐·가장의 고의와 무관한 경우가 많아 발급 대상으로 인정되는 전형적인 사례입니다. 다만 조정 경위에 다른 부정한 사정이 섞여 있지는 않은지는 개별적으로 확인이 필요합니다.

Q. 발급이 거부되면 그대로 손실로 확정되나요?

A. 곧바로 확정되는 것은 아닙니다. 미발급 통지가 부당하다고 판단되면 이의신청·심사청구·심판청구나 행정소송으로 다툴 수 있고, 처분이 취소되면 그 이후 매입세액공제나 경정청구로 이어갈 수 있습니다.

Q. 수정수입세금계산서를 늦게 발급받으면 공제를 놓칠 수도 있나요?

A. 발급받은 세금계산서의 작성일이 속하는 과세기간에 맞춰 신고해야 하므로, 신고기한을 넘기면 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구로 별도로 바로잡아야 합니다. 발급받는 즉시 공제·경정청구 기한부터 확인하는 것이 안전합니다.

맺음말

관세 추징은 그 자체로 끝나는 문제가 아니라, 추가로 낸 부가가치세를 되찾을 수 있는지를 함께 따져야 하는 문제입니다. 수정수입세금계산서는 신청해야 절차가 시작되고, 발급 여부는 추징의 원인이 은폐·가장에 따른 부정한 행위였는지 아니면 단순한 착오나 가격조정이었는지에 좌우됩니다. 추징 통지를 받은 시점에 곧바로 발급 가능성부터 점검하고, 거부됐다면 그 판단의 근거를 다시 따져보는 것이 순서입니다.

추징 규모가 크고 이전가격조정이나 복잡한 거래구조가 얽혀 있을수록 관세 경정 단계에서부터 부가가치세 처리까지 함께 설계해 두는 편이 손실을 줄이는 길입니다. 수정수입세금계산서 발급신청이나 거부 처분에 대한 불복을 준비하고 계시다면, 경정 내역과 과세자료를 정리한 뒤 상담을 받아보시길 권합니다.

조력이 필요하시면 010-3432-1451 강대현 대표변호사에게 연락주십시오. 신속히 도와드리겠습니다.

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