조세소송에 대하여(52) 

1. 처분 사유의 추가, 변경은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 허용되는 것이고, 과세표준이나 세액까지 동일해야만 하는 것이 아니므로 법원으로서는 처분의 동일성이 인정되는 범위 내에서는 추가, 변경된 처분 사유에 따라 정당한 세액을 산출하여 그 초과 부분만을 취소하는 것이 분쟁의 일회성의 원칙에 비추어 바람직하다 할 것입니다. ​

2. 이에 소송 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만을 취소해야 하는데, 다만 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액이 산출되지 않는 경우라면 부득이하게 과세 처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 합리적이고 타당성 있는 산정 방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 부담하는 것은 아니라 할 것입니다. ​

3. 전자와 관련하여, 이 사건 토지뿐만 아니라 원고 법인 소유의 충남 ○○군 ○○면 ○○리 산 57의 1 소재 당진사업소의 가압장 부지에 관한 차입금 이자에 대하여도 손금불산입처분하였고, 원고로서도 이 사건 토지 외 위 당진사업소 가압장 부지에 대하여는 다투고 있지 않고 있으며, 한편 기록에 의하더라도 위법하다고 취소되어야 할 이 사건 토지에 대한 부과될 세액이 분리 산출된다고 보이는 사안에서 대법원은 '과세처분 취소소송에 있어서 세액의 산출 과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출 세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다.'라는 판시(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누 19496 판결 [법인세등부과처분취소])를 통하여 기준을 세워 주었습니다. ​

4. 2. 항의 후자와 관련하여, 종합토지세 면제 대상 토지로서 건축물 전체의 부지면적에서 공제하는 등 합리적이고 타당한 방법에 의하여 직업훈련에 직접 사용되는 건축물과 그렇지 아니한 건축물을 명확히 구분하여 그에 따라 종합토지세를 면제하거나 과세하여야 하는 점에 대한 사례와 관련하여, 대법원은 '과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 면제 대상 토지의 산정 방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다.'라는 판시(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누 13527 판결 [종합토지세등부과처분취소])를 통하여 기준을 세워 주었습니다.