1. 과세 처분에 무효 사유에 해당하는 흠이 있는데도 취소소송을 제기한 경우 무효확인 판결을 할 수 있는지가 문제가 되는데, 판례는 무효 선언을 구하는 취소소송을 인정하고 있으므로 제소 기간이나 전심절차의 요건을 갖추었다면 바로 취소 판결을 하면 되는데, 다만 취소소송을 제기하여 심리한 결과 무효 사유가 있음이 밝혀졌으나 제소 기간이나 전심 절차를 갖추지 못한 경우라 할 것입니다.
2. 이에 대하여 대법원은 '원고가 부과처분의 취소를 구하고 있음이 명백하므로 원심이 더 나아가 그 무효확인을 구하는 여부를 석명할 의무는 없다고 할 것이며 과세처분의 취소를 구하는 내용에 그 무효확인을 구하는 취지가 포함되어 있다고 볼 수 없다.'라는 취지의 판결(대법원 1982. 6. 22. 선고 81누 424 판결 참조)을 통하여 기준을 세워 주었는데, 실무상은 원고에게 석명을 구하여 청구취지를 변경하는 방식으로 처리를 합니다.
3. 처분 사유의 추가, 변경과 관련하여 통설과 판례인 총액 주의에 의하면, 과세 처분에 의하여 인정된 총 세액을 뒷받침하는 처분 사유는 공격 방어 방법에 불과하여 처분의 동일성을 해하지 아니하는 한 사실심 변론종결 시까지 새로운 처분 사유를 추가하거나 변경할 수 있는데, 이때 처분의 동일성은 일방적으로 행정소송에서 처분 사유의 추가, 변경이 허용되는 '기본적 사실관계의 동일성'보다 넓은 범주로 인식됩니다.
4. 처분 사유의 변경이 가능한 경우 국세 부과의 제척기간이나 국세 징수권의 소멸시효 경과 여부를 판단하는 기준 시점은 처분 사유 변경 시가 아니라 당초의 처분 시가 되는데, 과세관청이 법인의 익금이 임원 또는 주주들에게 사외유출된 것으로 보아 구 법인세법 시행령 제94조의 2 규정에 의하여 소득처분한 후 그에 대한 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결 시까지 위 소득처분과는 별도로 같은 소득 금액이 대표이사나 출자자에게 현실적 소득으로 귀속되었다고 주장했던 사안에서 대법원은 '처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분 사유를 변경하는 것은 새로운 처분이라 할 수 없으므로, 국세 부과의 제척기간이나 국세 징수권의 소멸시효가 경과되었는지도 당초의 처분 시를 기준으로 판단할 것이지 처분 사유의 변경 시를 기준으로 판단할 것은 아니다.'라는 판시(대법원 2000. 3. 28. 선고 98두 16682 판결 [갑종근로소득세부과처분취소])를 통하여 기준을 세워 주었습니다.
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