국세기본법에 대한 검토(12) 

1. 국세부과의 원칙과 관련하여 장부 등 직접적인 자료에 입각하여 납세의무를 확정해야 한다는 '근거과세의 원칙'의 취지는 근거가 불충분한 과세를 방지하여 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하기 위함인데, 대법원은 "수사기관이 세무 관청에 보낸 과세자료 통보서만으로는 수사기관의 판단 문서로서 과세처분의 적법성을 뒷받침하는 자료가 될 수 없다고 할 것이다."라는 취지의 판결을 하여 근거과세의 원칙에 대한 기준을 제시하기도 하였습니다(대법원 1999. 11. 12 선고 99두 4556 판결 [법인세 부과처분 취소])

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2. 근거과세의 원칙과 관련하여, 국세기본법 제16조 제1항에는 '납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.'라는 규정이 있는바, 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 증거자료에 의하여야 하는데, 이는 실질조사 결정이 원칙적인 결정 방법임을 가리키는 것입니다.

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3. 두 번째로 국세를 조사, 결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 '그 부분에 대해서만' 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있고, 정부는 이처럼 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사형 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 하는데, 이에 대하여는 국세기본법 제16조 제2항 내지 제3항에 규정이 있습니다. 다만 대법원은 '구 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조는 그 문언에서 보는 바와 같이 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때를 전제로, 정부가 장부와 다른 내용으로 과세할 경우 납세의무자의 절차적 권익을 보호하기 위해 ‘기장의 내용과 상이한 사실’이나 ‘기장에 누락된 것’을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하도록 하고 있다. 따라서 납세의무자가 세법에서 요구하는 장부를 비치ㆍ기장하지 않은 경우에는 구 국세기본법 제16조 제3항이 적용되지 않는다.'라는 판시(대법원 2013. 6. 13 선고 2012두11577 판결 [부가가치세 부과처분 취소])를 통하여 위 규정은 납세의무자가 장부 등을 비치한 경우에 적용된다는 점을 확인시켜 주었습니다.

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4. 이와 관련하여 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 정부가 조사한 사실과 결정의 근거가 기재된 결정서를 열람 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인해야 하는데 이 경우 요구는 구술로 하면 되는데, 다만 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있습니다(국세기본법 제16조 제4항 내지 제5항 참조).