1. 제2차 납세의무의 경우에도 주된 납세 의무와는 별도로 부과제척기간이 진행되고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 타당한데, 대법원은 과세관청이 甲 주식회사에 대한 당초 법인세 부과처분을 직권 취소하고 새로운 법인세 부과처분을 한 뒤 甲 회사가 이를 체납하자 甲 회사의 과점주주인 乙을 제2차 납세의무자로 지정하고 그에게 새로운 법인세 부과처분의 체납세액과 이에 대한 가산금, 중가산금 중 乙의 주식 지분비율에 해당하는 금액을 부과하는 처분을 한 사안에서 같은 의견을 개진하였습니다(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두 13234 판결 등).
2. 사업자가 타인의 명의로 사업자 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급 세액에서 빼는 '명의위장 등록 가산세'와 관련된 사안에서, 이는 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 타인 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 한 것에 대한 제재로서 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 제1항 제1호의 2에 따라 납세자의 부정행위로 부과 대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으며, 이에 대한 신고의무에 대하여도 별도의 규정이 없으므로, 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하다는 취지의 판시를 하기도 하였습니다(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두 62726 판결).
3. 국세기본법 제26조의 2 제6항은 통상의 제척기간이 경과하였더라도 일정한 사실이 발생한 경우에는 그때부터 일정한 기간 내에 경정결정 등 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 제1호에는 '제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년', 제2호에는 '제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목이나 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년'이라는 규정 등이 있는바, 이러한 경우 위 기한 내에 과세관청은 경정결정 등을 할 수 있습니다.
4. 위 특례 기간과 관련하여 실무상 행정 소송에 따른 확정판결 등이 있는 경우가 문제가 많이 되는데, 판례는 판결이나 결정이 확정된 경우에는 당해 판결 등에 따른 경정 결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있고, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라도 그 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지 할 수 있는 것은 아니며(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두 6657 판결), 판결 등 취지에 따른 것인 한 납세자에게 유리한 경정결정만이 허용되는 것은 아니라는 기준을 세워 주었습니다(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누 4885 판결).
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