폐업 법인 세금을 과점주주라고 2차 납세의무를 졌는데 불복하나요
수원 광교와 서울 양재역, 두 곳에서 상담이 가능합니다.
현재 상황에 대해 상담이 필요하신 경우 편하게 연락 주시면, 사건 경위를 확인한 뒤 대응 방향을 함께 검토해드리겠습니다.
사건 개요
몇 해 전 지인과 함께 작은 무역회사를 법인으로 차려 운영하다가, 거래처가 하나둘 끊기고 자금 사정이 나빠지면서 결국 폐업 신고를 하고 정리한 경우가 있습니다. 회사가 사라진 뒤로는 그 일을 잊고 지내다가, 갑자기 세무서로부터 "제2차 납세의무자 지정 및 납부고지서"라는 낯선 문서를 받게 됩니다. 문서에는 폐업한 법인이 내지 못한 부가가치세나 법인세 체납액 중 일부를, 그 법인의 "과점주주"였다는 이유로 본인이 대신 납부해야 한다는 내용이 적혀 있습니다.
"법인은 나와 별개의 법적 인격을 가지고 있으니 법인이 진 빚을 주주 개인이 책임질 이유는 없다"는 것이 상식적으로 알고 있던 내용이라, 이런 고지서를 받으면 당혹스러울 수밖에 없습니다. 실제로 상담을 청해 오는 분들 중에는 지분을 크게 가지고 있지도 않았는데 지정된 경우, 동업자를 도와준다는 생각으로 이름만 주주명부에 올려두었을 뿐 경영에는 손도 대지 않은 경우, 회사가 문을 닫은 지 몇 년이나 지나서야 뜬금없이 고지서를 받은 경우까지 다양합니다.
결론부터 말씀드리면, 과점주주였다는 사실만으로 제2차 납세의무가 자동으로 확정되는 것은 아닙니다. 법인 재산으로 충당해도 부족한지, 실제로 지분율과 경영 관여 요건을 모두 갖춘 과점주주에 해당하는지, 그 판단 시점과 책임 한도가 정확한지, 불복 기한을 놓치지 않았는지에 따라 처분이 전부 또는 일부 취소될 여지가 있으므로 이 갈림길을 하나씩 짚어야 합니다.
핵심 쟁점
폐업 법인의 제2차 납세의무 사건에서 실제로 결과를 가르는 지점은 다섯 가지입니다. 첫째, 법인의 재산으로 체납액을 충당하려는 시도가 있었고 그럼에도 부족했다는 보충성 요건이 실제로 충족됐는지입니다. 둘째, 국세기본법 제39조 제1항 제2호가 정한 과점주주에 해당하려면 본인과 특수관계인의 지분 합계가 발행주식총수의 50퍼센트를 초과하는 것만으로는 부족하고, 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있었다는 요건까지 함께 갖추어야 한다는 점입니다. 셋째, 이 요건들을 판단하는 기준 시점이 폐업일이나 고지일이 아니라 그 국세의 납세의무가 성립한 날이라는 점이어서, 그 시점 이후에 지분을 정리했거나 그 이전에 이미 손을 뗐다면 다툴 여지가 생깁니다. 넷째, 주주명부에 이름만 올라 있을 뿐 명의를 빌려주었거나 도용당한 경우라면 실질적으로 권리를 행사한 자가 아니라고 다툴 수 있되, 그 사정은 스스로 증명해야 한다는 점입니다. 다섯째, 고지서를 받은 날부터 90일이라는 불복 기한을 지켰는지입니다.
이 다섯 지점을 순서대로 짚지 않으면 "과점주주였으니 무조건 납부해야 한다"는 오해에 갇히기 쉽습니다. 실제로는 보충성이 갖춰지지 않았거나, 지분율은 넘더라도 경영 관여 정황이 없거나, 판단 시점이 어긋나 있거나, 명의만 빌려준 사정이 증명되면 처분 전부가 취소되기도 하고, 책임 한도 계산이 잘못됐을 뿐이라면 금액만 줄어들기도 합니다.
김강희 변호사의 해결방법 [1]: "과점주주" 요건 자체를 실질로 다투기
국세기본법 제39조 제1항 제2호는 주주 1명과 그 특수관계인의 지분 합계가 발행주식총수의 100분의 50을 초과하면서, 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들을 과점주주로 정하고 있습니다. 과거에는 지분 비율만 넘으면 사실상 자동으로 과점주주로 취급되는 경우가 많았지만, 지금은 지분율 요건과 지배적 영향력 요건을 둘 다 갖추어야 한다는 점이 조문에 명시돼 있습니다. 김강희 변호사는 다음 순서로 이 요건을 다시 짚습니다.
1) 납세의무 성립일 기준으로 지분 변동 이력을 재구성합니다.
법인등기부등본, 주식(출자지분) 변동상황명세서, 정관, 주주명부를 확보해 세무서가 산정한 지분율이 실제로 문제 된 국세의 납세의무 성립일 현재 자료와 정확히 일치하는지 대조합니다. 실무에서는 세무서가 폐업 시점이나 마지막으로 신고된 명세서를 그대로 가져다 쓰면서, 그보다 앞서 지분을 이미 처분했거나 반대로 뒤늦게 지분을 취득한 시점의 차이를 놓치는 경우가 있습니다. 이 시점 불일치가 확인되면 지분율 자체가 다시 계산되어야 합니다.
2) 특수관계인 합산과 '지배적 영향력' 요건을 각각 따로 다툽니다.
배우자나 직계존비속 등 특수관계인의 지분까지 더해 50퍼센트를 넘긴 것이라면, 그 특수관계인이 실제로 시행령이 정한 관계에 해당하는지부터 확인합니다. 또한 지분율 합계가 50퍼센트를 넘더라도, 이사회 참석 여부, 자금 집행 결재선, 거래처 상대 여부, 급여 수령 여부 등 경영 관여 정황이 전혀 없다면 지배적인 영향력을 행사했다고 보기 어렵다는 논리로 다툴 수 있습니다. 실제로 대구고등법원 2024. 9. 6. 선고 2024누10493 판결은, 형이 사실상 운영하던 법인의 감사로만 등재돼 있던 동생에게 세무서가 제2차 납세의무자 지정처분을 했으나, 주식 취득 서류에 사용된 인감이 동생의 동의 없이 임의로 쓰였고 경영에 참여한 사실도 없다는 점이 확인되면서 그 처분을 취소한 사례입니다.
3) 명의신탁·명의도용이라면 그 경위를 문서로 남겨 증명책임을 감당합니다.
판례상 주주명부에 이름이 등재돼 있으면 일단 주주로 추정되고, "명의만 빌려주었거나 도용당했다"는 사정은 이를 주장하는 본인이 직접 증명해야 한다는 원칙이 실무에 자리잡혀 있습니다. 따라서 명의를 빌려준 경위, 실제 운영자와의 관계를 보여주는 진술이나 문자·통화 기록, 배당을 받은 적이 없다는 계좌 내역, 인감이나 서류가 본인 동의 없이 사용됐다는 정황을 최대한 구체적으로 정리해 제출하는 작업이 이 단계의 핵심입니다.
김강희 변호사의 해결방법 [2]: 보충성·책임 한도·불복 기한을 함께 짚어 다투기
과점주주 요건 자체를 다투는 것과 별개로, 처분의 절차적·계산적 하자를 확인하고 정해진 기한 안에 불복 절차를 밟는 것이 결과를 좌우합니다.
1) 법인 재산에 대한 체납처분이 실제로 이루어졌는지 확인합니다.
제2차 납세의무는 "법인의 재산으로 그 국세에 충당하여도 부족한 경우"에만 성립하는 보충적인 책임입니다. 세무서가 법인의 잔여 재산이나 채권을 조사하거나 압류를 시도한 기록이 있는지, 아니면 법인에 대한 조사 없이 곧바로 개인에게 고지서를 보냈는지를 확인합니다. 법인에 회수 가능한 재산이 남아 있었는데도 이를 확인하지 않은 채 지정이 이루어졌다면 보충성 요건 미비를 근거로 다툴 수 있습니다.
2) 책임 한도 계산을 다시 검산합니다.
국세기본법 제39조 단서는 제2차 납세의무를 부족액을 발행주식총수(의결권 없는 주식 제외)로 나눈 금액에, 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수를 곱한 금액으로 한도를 정하고 있습니다. 고지서에 적힌 금액이 이 산식과 정확히 일치하는지, 의결권 없는 주식이 분모나 분자에 잘못 포함되지는 않았는지 직접 재계산해 보아야 합니다.
3) 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 선택해 제기합니다.
국세기본법 제55조, 제61조, 제68조에 따라 처분이 있음을 안 날, 즉 고지서를 받은 날부터 90일이 불변기간이며, 이 절차를 거치지 않으면 이후 행정소송 자체를 낼 수 없는 필요적 전치주의(제56조 제2항)가 적용됩니다. 이의신청을 먼저 거친 뒤 그 결정 통지를 받은 날부터 다시 90일 안에 심사청구나 심판청구로 나아갈 수도 있고, 이의신청 없이 곧바로 국세청에 심사청구를 하거나 조세심판원에 심판청구를 할 수도 있습니다. 어느 경로를 선택하느냐에 따라 이후 절차와 기한 계산이 달라지므로, 처음부터 경로를 정해두고 자료를 준비하는 것이 안전합니다.
결론
법인이 폐업했다고 해서 과점주주였던 사람의 세금 문제가 저절로 끝나는 것은 아니지만, 그렇다고 지분을 가지고 있었다는 사실만으로 제2차 납세의무가 자동으로 확정되는 것도 아닙니다. 법인 재산으로 충당해도 부족했다는 보충성, 지분율과 경영 관여를 함께 요구하는 과점주주 해당성, 납세의무 성립일이라는 판단 시점, 책임 한도, 그리고 불복 절차와 기한까지 하나하나 갖추어져야 처분이 유지될 수 있습니다.
고지서를 받았다면 가장 먼저 확인해야 할 것은 90일이라는 불복 기한이 언제까지인지이고, 그 다음이 실제로 자신이 이 요건들에 해당하는지를 자료로 재구성하는 일입니다. 지금 비슷한 상황에 놓여 있다면, 고지서와 법인 관련 자료를 가지고 처음부터 다시 점검을 받아보시기를 권합니다.
자주 묻는 질문 Q&A
Q1. 제 지분은 30퍼센트뿐인데 제2차 납세의무자로 지정됐습니다. 왜 그런가요?
국세기본법상 과점주주는 본인 지분만이 아니라 배우자·직계존비속 등 특수관계인의 지분까지 합산해 50퍼센트를 넘는지로 판단합니다.
본인 지분이 낮더라도 가족 등 특수관계인의 지분을 더해 50퍼센트를 넘고, 그 인원들이 실제로 회사 경영에 지배적인 영향력을 행사한 것으로 인정되면 그 그룹 전체가 과점주주에 해당할 수 있습니다.
다만 합산 대상이 된 특수관계인의 범위가 정확한지, 그리고 실제로 경영에 지배적 영향력을 행사했는지는 별도로 다툴 수 있는 부분이므로, 합산 근거가 된 관계와 경위부터 확인해볼 필요가 있습니다.
Q2. 형 사업을 도와준다고 명의만 빌려줬는데 저한테 세금이 나왔습니다.
안타깝지만 주주명부에 이름이 올라 있으면 일단 주주로 추정되고, "명의만 빌려줬다"는 사정은 이를 주장하는 본인이 직접 증명해야 하는 것이 실무 원칙입니다.
그렇다고 무조건 책임을 지는 것은 아니며, 실제로 경영에 관여하거나 배당을 받은 적이 없다는 사정, 명의를 빌려준 구체적 경위, 서류나 인감이 본인 동의 없이 사용됐다는 정황 등이 확인되어 처분이 취소된 사례도 있습니다.
관련 자료를 최대한 모아 시간 순서대로 정리해 두시는 것이 우선입니다.
Q3. 회사가 문 닫은 지 6년이 지났는데 이제 와서 고지서가 왔습니다. 시효가 지난 것 아닌가요?
국세를 징수할 수 있는 권리는 원칙적으로 5년, 세액이 5억원 이상이면 10년이 지나면 소멸시효가 완성됩니다.
다만 그 기간은 폐업일이 아니라 법인의 체납액이 확정된 법정납부기한 다음 날부터 계산되며, 그 사이 압류나 독촉 등 시효를 중단시키는 조치가 있었다면 기간이 다시 진행됩니다.
따라서 폐업한 지 오래됐다는 사정만으로 곧바로 시효가 지났다고 단정할 수 없고, 원래 세액이 언제 확정됐는지와 그 사이의 조치 내역을 먼저 확인해야 합니다.
Q4. 고지서를 받았는데 불복은 어떤 순서로 진행되나요?
처분이 있음을 안 날, 즉 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청을 먼저 거친 뒤 심사청구나 심판청구로 나아갈 수도 있고, 이의신청 없이 곧바로 심사청구(국세청)나 심판청구(조세심판원) 중 하나를 선택해 제기할 수도 있습니다.
이 절차를 거치지 않으면 이후 행정소송 자체를 낼 수 없으므로, 90일이라는 기한을 넘기지 않는 것이 무엇보다 중요합니다.
어느 경로를 선택할지는 사건의 성격과 준비된 자료에 따라 달라질 수 있습니다.
Q5. 이런 사건에서는 무엇을 준비해야 하나요?
가장 먼저 고지서에 적힌 세액의 산출 근거—어느 세목의 체납액인지, 지분율을 어떻게 계산했는지, 납세의무 성립일을 언제로 봤는지—를 확인하는 것이 좋습니다.
그 다음 법인등기부등본, 주주명부, 주식변동상황명세서, 정관, 급여·배당 내역 등 본인의 실제 지분과 경영 관여 정도를 보여줄 수 있는 자료를 모아야 합니다.
과점주주 여부는 지분율뿐 아니라 실질적인 경영 관여 정황까지 함께 따지는 사안이므로, 고지서를 받은 즉시 자료를 정리해 기한 안에 검토를 받아보는 것이 중요합니다.
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