원룸에서 반려동물 키우기: 계약서 특약과 보증금 문제

제가 원룸 계약서 특약에 반려동물 금지라고 되어있어서 지인께 고양이를 탁묘를 맡겨놓았었는데요 지인이 사정이 생겨서 이제 돌봐주시지 못한다고 합니다... 근데 6개월만 고양이를 원룸에 데리고 있어야 하는 상황인데 집주인께 따로 연락을 드려서 허락을 구하는게 먼저일텐데 따로 허락을 개인연락을 통해서 사정을 설명 하고 반랴동물로 인한 오염 훼손 냄새 파손을 퇴실 시 모두 원상복구 하겠다고 허락 문자를 넣어놓은 상태입니다 만약 집주인께서 허락을 해 주신다면 계약서 특약 수정을 해야하나요? 그리고 만약 허락을 못받았을때 중도 계약해지를 해서 반려동물 키우는게 가능한 방으로 이사를 하게 된다면 보증금을 온전히 다 돌려받지 못하는 상황이 올 수 있는건가요?