전역 후 근무기관의 위법행위 신고 방법에 대한 상담

보건소에 근무하고 있는 공중보건의사이며 불합리한 근무조건과 신분으로 인한 압박을 받고 있는 상태입니다. 기관장이 의료법 위반행위를 방임하는 것으로 저의 면허에도 위험이 끼칠 수 있으나 복종의 의무, 성실의 의무 그 외 징계권이 보건소장에게 있어 고발조치가 쉽지 않습니다. 하지만 그 내용이 중대하여 전역 후 신고나 고발을 하려고 합니다. 그러나 제 공무원 신분 상 복무기간(3년 중)의 행위 등에 대해 상대편에서 공격할 수 있으므로 저에게 문제되지 않는 기간에 보호조치된 이후 고발하고 싶습니다. 그런데 증거자료의 유효기간 등의 이유로 처벌이 이루어지지 않을까 걱정됩니다. 어떻게 대응하는 것이 좋을지 궁금합니다.