편의점 알바생의 주휴수당 문제와 점주의 고소 위협

주44시간씩 3달간 편의점에서 근무했던 알바생입니다. 주휴수당 45만원을 받지못해서 달라고했지만 거절당했고 노동청에 신고했습니다. 그러자 편의점주가 폐기음식을 마음대로 먹었다는 이유로 고소한다고 합니다.(주휴수당은 지급한다고 합니다) 제가 먹은 폐기는 총합해도 10만원 미만이고(실제로는 넉넉잡아 6만원 정도로 예상됩니다) 점주에게 폐기음식을 먹어도된다는 허락을 구두로 받았지만 다른 증거가 없습니다. 다른 알바생들과도 친분이 없어서 증인을 구하기 힘든 상황입니다. 1.이런 소액의 경우로도 검찰까지 올라가서 기소되는 상황이 일어날 수 있나요? 2. 3달동안 근무하면서 직접 결제한 내역이 있습니다. 총 363,300원을 해당 편의점에서 카드로 결제한 내역(음식,담배 등)이 있는데 폐기음식을 절도,횡령 할 고의성이 없었다는 정황증거로 사용 가능할까요? 3. 주휴수당 지급에 대한 보복성 신고로 보이는데 재판까지 갈 확률이 얼마나 될까요? 4. 제가 교사 임용을 준비중인 사범대 학생인데 편의점주가 '내가 어떻게든 너 임용못되게 해줄게' 라고 한 통화녹음이 있습니다. 협박죄가 성립되나요? 교사가 꿈인데 이런일에 엮여서 마음고생이 심합니다... 시원한 답변 부탁드립니다!