1. 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수 의무가 성립하려면 그 성립시기인 소득금액변동통지서를 받은 때에 원천 납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하는데, 원천 납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수 의무도 성립할 수 없고, 그 후에 이루어진 소득 금액 변동통지도 위법하게 됩니다.
2. 대법원도 '법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액에 대한 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수 의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득 금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천 납세의무 자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하고, 원천 납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수 의무도 성립할 수 없어 그 후에 이루어진 소득 금액 변동통지는 위법하다 할 것이다.'라는 취지의 선고(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두 20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두 11382 판결 등 참조)를 통하여 같은 기준을 세워 주었습니다.
3. 위 2. 항의 사안의 제척기간에 대하여 살펴보면, 원고가 2001 사업연도에 가공거래에 의해 세금계산서를 수취하여 매입액을 과다계상한 것은 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위에 해당한다고 할 것이나, 나아가 대표이사가 장차 은닉된 원고의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니 함에 따라 자신이 상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 제1 항 제1호의 ’납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수 없고, 그렇다면 대표이사의 2001년 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제3호에 의하여 5년으로 판단이 되었던 사안이었습니다.
4. 한편 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 아닌 다른 세무서장 또는 지방국세청장이 소득 금액 변동통지를 하는 경우에는 관할 없는 과세관청의 통지로서 위법한바, 간혹 지방국세청장이 관할을 하지 않은 채 세무조사 결과에 따라 곧바로 관련 법인에 대한 소득 금액 변동통지를 하는 경우가 있으니 잘 확인해야 합니다.
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